La fundación de las misiones jesuíticas en el "partido de Baures" como fueron denominadas aquellas que se establecieron en el dominio de dicha etnia, surgieron como consecuencia de la segunda expedición militar a la zona ordenada por el gobernador de Santa Cruz don Bernardo de Rivera y Quiroga, a solicitud de la orden jesuítica como respuesta a la violenta acción mililtar en la que cayó muerto el misionero Cipriano Barace, fundador de Trinidad.

Es así que un 21 de agosto de 1709 se funda la Misión de San Joaquín, por los padres Pedro Blanco y Pedro Rada, por instrucciones del Director de las Misiones de Santa Cruz, padre Antonio de Orellana.

En las décadas de los 50 y 60 encarna para San Joaquín uno de los momentos más críticos de su historia moderna. pues durante este tiempo la población sufió primero de una grave inundación 1959, que afectó a la gran parte de la población, y posteriormente en 1962 se manifestó en la población y en sus comunidades más próximas una desconocida enfermedad que en la mayoría de los casos provocaba el deceso de quien la contraía.

Ante esta situación San Joaquín sufrió migraciones masivas hacia poblaciones de Guayaramerin, Trinidad y Santa Cruz, se cree que más de un 70% de la población migro en ese periodo de tiempo. La situación se tornó tan grave que hizo suponer que iban a quemar la ciudad y abandonarla. En 1963 el ejercito de Estados Unidos en convenio con el Gobierno Nacional establece un equipo de médicos y científicos americanos de la Middle American Research con la misión de identficar la enfermedad y buscar los medios para contenerla. A la cabeza de este grupo se encontraba el Dr. Henry K. Bcyc y el novel científico Dr. Karl M. Johnson.